秸秆发酵沼气通常面临两大困难：一是秸秆木质化纤维多，难于被微生物降解从而导致产气过程非常缓慢，产气量较低；二是秸秆的密度较低，容易导致液面结壳，影响沼气发酵，并且由于溶液浓度较低，废料处理利用比较困难。
山东省科学院能源研究所最近开发出简单、快速、高效的秸秆预处理技术和专门适用于秸秆的高效厌氧发酵反应器，使秸秆的消化率和产气率得到有效提高。首先，根据秸秆在发酵过程中的物料特性和微生物菌群对秸秆的作用原理开发出专门用于秸秆预处理的复合菌剂，使秸秆发酵浓度由通常的8％提高到20％~30％，大大提高了秸秆的降解效率。其次，开发出专门适用于秸秆的高效厌氧发酵反应器，使秸秆的消化率和产气率得到大大提高。另外，克服了秸秆沼气发酵进出料难的问题，实现了进出料的机械化、自动化。
据介绍，利用该项技术，一个1000亩耕地、150户居民的村庄，每年可增加收益约12万元。