(一)孵化前的准备
1.安装前要使水泥地面保持平整。孵化机稍向前(有的机型向后)倾斜，以便清洗时排放污水。机门前要留有2～3米的操作空间。
2.对孵化室、孵化机进行消毒。此项工作应在入孵前1周在检修机械完后进行。室内屋顶、地面等各个角落都要清扫干净，机内涮洗干净后，用高锰酸钾、甲醛熏蒸消毒，或与入孵种蛋一起消毒。
3.检查蛋盘。看蛋盘框是否牢固，铁丝是否有脱位、折断和弯曲现象，做到逐个检查。
4.机体检查。反复开门后，看是否严密，机体四壁、上顶、底板是否变形，发现故障及时补修。
5.校正检修机器。在孵化前1周，要系统检查安装是否妥当、牢固，各电器系统是否接好、灵敏、准确。检测温度计准确度的方法：可用1个读数准确的温度计与孵化用温度计插入温水中，观察温差，如温差过大(大于0.5℃)，应更换或胶布贴上校正值标记。
6.试机过程中的检查。试机过程中要对供温、供湿、警铃、风扇等系统以及电机的转动进行详细检查，上述部分一切正常，试机运转1～2天后方可正式入孵。
对于种蛋入孵前的准备，应先做好种蛋的入孵前选择，即外部观察、照蛋和剖检法。其次应做好种蛋入孵前的预热和消毒。
(二)孵化过程中的管理
1.种蛋入孵。上盘后的种蛋，经过预热、消毒后入孵。入孵时将蛋盘插入孵化机内的蛋架即可。但要注意架的平衡，防止翻蛋。
2.温度调节和通风。温度经过调节固定后，一般不要再动，刚入孵时，由于开门放蛋，散失部分热量，同时种蛋和蛋盘又要吸收热量，而使孵化机内温度急剧下降，这是正常现象，过一段时间会逐步恢复正常。在正常情况下，机内温度偏高0.5℃或偏低0.5℃时，即要检查原因，予以调整，因此要随时观察机门上温度计批示的温度情况，如有不正常就要及时检查控温系统，排除故障。随着胚龄增加应适当开启排气口，到后期应全部打开，以保持胚胎正常发育对氧气的需要。但前期不应开启过大，以免加温较慢，浪费电能。一般在1～19日胚龄期间要求孵化机内的温度为39℃左右。19日胚龄移入初孵机时，温度应38～38.5℃。在使用孵化机时要注意，一定要按孵化机生产厂的使用说明书推荐的温度试用，还要考虑所处的地理条件。
3.湿度调节。孵化机内最适宜的相对湿度，一般为53%～57%，孵化期间要定时观察机门玻璃窗内的干湿球温度计。另外，感受元件的纱布与水盆内也要经常换水，纱布被脏物污染后，要洗净重装。
4.翻蛋。要求每2～3小时翻蛋1次，翻蛋角度为±45°。如果同时控制多台孵化机，翻蛋时最好使所有的孵化机翻蛋方向一致，这样便于管理。每翻蛋一次要做好记录。
(三)孵化后期的管理胚蛋孵化至18～19天，应转入出雏器中继续孵化至出雏。在转蛋时也要提高室温，动作要轻、稳、快。胚蛋在孵化20.5天时，开始大批啄壳出雏，见有30%以上出壳时，开始捡出羽毛已基本干了的雏鸡，并捡出蛋壳，雏鸡羽毛未干时捡出或在出雏机内停放时间过长，均影响雏鸡健康。在出雏完毕后，必须对出雏器、孵化机和孵化室进行清扫和消毒。出雏盘、水盘冲洗干净后放入出雏器进行熏蒸消毒。
(四)孵化过程中突发故障的排除
1.停电。孵化时，为了预防停电，必须采取一系列应急措施：(1)要有两套供热设备，一是自备发电机，遇上停电，马上发电。孵化场应和当地供电部门保持联系，在得知要发生停电时，事前做好启用备用发电机的工作;二是孵化室内设火炉和火墙，遇到停电，立即提高室温，保持在18.5～37.8℃的范围内，并关闭机门和机上的通气孔，定时对调下、上蛋盘等措施，同时地面洒温水调节湿度，以保证胚胎的正常发育。(2)对孵化机内温度的掌握。如果是孵化前期的胚蛋，要注意保温，孵化后期的胚蛋要注意散热。但也要根据季节和室温具体掌握。
2.其他故障的排除。(1)风扇转速低：风扇皮带老化松弛，致使转速减慢，机内气流搅拌不匀，出现高温和低温死角。有时皮带会断裂，风扇停止工作。故对皮带要经常检查，发现松弛或老化及时更换。(2)风扇摩擦机壁：原因是风扇固定不牢，左右摇摆，发出噪音，应及时固定。(3)机内温度失控：注意是电子继电器性能差，灵敏度低，不能及时准确控温。有时会出现机内温度只升不降的现象，主要是水银温度计失灵，水银柱出现断柱，动点定点不能准确接触所致。必须及时更换水银导电温度计。(4)电动机运转不良或机壳烫手，应立即进行维修或更换。