插秧机在路面行驶时，如果路面质量良好并安装了运输胶轮，可以将变速手柄置于快速档。在田间转移地块或路面质量较差时，不应使用公路行驶档，以免损坏机器。在陆地上行驶时，秧船上不应站人或堆放重物。
插秧机到达作业地点后，使用支撑杆支撑动力架，卸下运输胶轮，换上水田轮。注意水田轮的安装方向，叶片立筋应朝后。
过埂器用于插秧机作业时过埂或遇到障碍物需要秧船头部翘起时。使过埂器吊钩吊起船，板使插秧机缓缓进入秧田。
插秧机下田时，要考虑行走路线和转移地块时的进出路线，以减少人工补苗面积。入田第一行程与池埂间要留出一个工作幅的宽度，两端地头也要留出一个工作幅的宽度。
空秧箱装秧时，把秧箱移到一端，在分离针空取一次后停车。装秧时让秧苗自由滑下，不要用手推压秧片，防止秧片变形。秧片要紧贴秧箱，不要在秧门处拱起。
第一次插秧时，根据农艺要求确定穴距和每穴秧苗的株数，调节相应的株距和取秧量。插深要求不漂不倒，越浅越好，一般控制在1.5厘米左右。
秧箱里的秧苗插到露出送秧皮带一半之前，应及时装秧。加秧接头处要对齐，不要留空隙，防止秧片变宽。
秧船主要起支承重量、平整土地、减少机器前进阻力的作用。插秧作业时，把秧船用挂链调到船底平面与地面充分接触，挂链连接以自然高度为宜。
插秧机作业行驶要直，各行间隔要一致，要做到不压苗。地头转弯时，先将定位离合器扳到"离"的位置上，然后及时转向。
插秧机作业时变速手柄必须置于两个插秧档中的一个档位。作业到最后时，观察所剩秧田的大小，如果不足一个工作幅宽度时，减少插一行或几行。
过埂时装秧手应下机器，驾驶员将离合器手柄扳到"离"的位置，用力踩下过梗器，装秧手在前面拖动插秧机过稻田池梗。
午休或一天工作结束时，将插秧机的秧箱、秧门上的泥土及时清洗干净。保障人身和机器的安全，严格按照正确的操作方法进行操作。
插秧机工作时，装秧手身体应远离秧箱传动杆，防止触碰皮带轮，三角胶带等传动部件。操作人员衣服要穿戴整齐，避免卷入传动机构。
机具陷入泥沟，装秧手帮助抬机时，应站在水田轮侧面，严禁站在水田轮前面。变速手柄换档时必须把总离合器分离，严禁不停车挂档。经常检查机器紧固计的紧固情况。
插秧作业中如出现质量下降，查明原因并采取相应措施。如有一组栽植臂不工作，并伴有响声，可能是秧门有杂物或分离针变形。
秧苗出现拱起现象，是苗床水分过多，或装秧不当。万向节销轴折断时工作部件不工作，需要更换销轴。秧苗日龄过长，秧苗过大，过密或过稀，苗床水分过多，都可能造成插秧作业质量下降。
对插秧机要按时进行维护保养。作业全部结束后，应对整机进行擦洗。清洗柴油箱滤芯，拆下柴油箱放出柴油，取出滤芯在柴油中清洗干净。
使机器保持良好的润滑状态，按时、按质、按量加注润滑油。新机器在工作2公顷后，给柴油机更换机油，以后每季换一次。行走传动箱机油每季更换一次，作业期间每天检查一次。工作传动箱机油加到油尺标记中间位置，作业期间每天检查一次，每季更换一次。左右链箱和栽植臂机油作业期间每天检查一次，链箱加到链条挂油为止，栽植臂加到拨叉处有油为止。打开栽植臂注油塞处加入胶质润滑油。
插秧机长期存放时，最好放在库房，并将各档置于空档位置。