一、清洗除污。用高压清洗机冲洗机件各处的污泥，除去缠在秧爪、秧针、轮子等处的杂草。冲洗中应防止水进入空气滤清器，乘座式插秧机也要防止水进入电机、电瓶等部位。清洗后用布擦去各部位的全面的村镇信息共享水，空转2-3分钟(包括乘座式)方可停车。
二、保养注油。清扫清洗完后，各运转活动部位应涂上润滑油或机油，特别是秧针、轨道等处应涂上润滑油。各注油处要充分注油，新机油的更换以在热机运转结束后放净为好，然后注入30号发动机机油，油量在油位计不拧紧的状态下处于上下刻线之间。齿轮箱、侧支架、驱动轮箱等处要补充齿轮油、燃油滤清器、过滤器、空气滤清器等处要进行清理或清洗。
三、保管存放。放出燃油箱及汽化器内的汽油(尤其是手扶式插秧机，有些人喜欢拉动起动器，很容易出事故)。
给火花塞孔注入约20毫升机油，将起动器拉下，目的是防止气缸壁和气门生锈，在拉动时感觉有压缩感时停下来。
使主离合器手柄、液压手柄、插秧离合器手柄都放在"断开"、"下降"位置。燃油旋塞、发动机开关拨到"OFF"状态下保管。
乘座式插秧机将插秧装置置于下降位，底下垫一木块，踩下离合器踏板，使各操纵手柄处于断开位置，卸下电瓶，定期充电后，放在干燥处保管。
清洗注油保养后，罩上遮布，防止灰尘进入，选择干燥、无直射阳光的地方存放，并与腐蚀物隔离。将随机配件、工具与插秧机机体一同保管存放。