轮式拖拉机配用的旋耕机其耕深由液压系统控制。手扶拖拉机配套的旋耕机可通过改变尾轮的高低来调整，在小范围内调整时，可转动调节手柄。
旋耕机最大耕深受刀盘直径和机器前进速度的限制。刀盘直径大，耕深也就大；反之则小。当机器在前进速度减慢时，亦可增加耕深。目前国产各类旋耕机耕深调整范围为12～16cm。
旋耕机的碎土性能与拖拉机前进速度和刀轴转速有关。当刀轴转速一定时，减小拖拉机前进速度，碎土性好；反之则不好。在大型旋耕机上，改变拖板的位置也可改变碎土情况。
用万向节传动的旋耕机，由于受万向节传动倾角限制，不能提升过高，在传动中如旋耕机提升高度过大，使万向节的倾角超过30o，会引起万向节的损坏。旋耕时，应先接合动力输出轴，再挂上工作档，在柔和放松离合器踏板的同时，使旋耕机刀片慢慢入土，并加大油门。禁止在拖拉机起步前先将旋耕机入土或猛放入土，以免损坏零件。