沼气在生产运行中，常会出现一些故障，重则出现事故，轻则无法正常使用，掌握故障原理及排除方法很重要。常见故障及排除方法主要有：
1、压力表长期不上升或上升缓慢
产生原因及排除方法：
（1）沼气池密封不好，可能漏气。排除方法是试压检查，达到不漏水不漏气时才能使用。
（2）发酵料液过碱或发酵料中有毒性物质，如农药等；排除方法是：调节PH值为7左右，严禁毒物入池。
（3）缺乏启动菌种，排除方法是加接种物。
（4）发酵原料不足，排除方法是增填料液。
2、新池装料后产气很多，但不能点火
产生原因是沼气中杂气太多或池内接种物太少，料液呈酸性，排除方法是释放杂气或添加接种物，调节PH值。
3、压力表刻度指针经常处于最大
说明沼气池内压力过大，遇到这种情况要增加使用频率，减少进料。也可在水压池旁建一贮粪池。
4、回火
产生原因可能有：
（1）火盖与燃烧器头部配合不好。
（2）风门开得过大，进气量太多。
（3）支锅器过低，造成燃烧器头部过热。
排除方法是更换火盖，风门过大调整风门，调高支锅器。
5、离焰脱火
可能原因是风门过大或供气压力过高。排除方法是调整风门，关小阀门。