沼气池在使用过程中，会出现一些故障，这些故障不排除会影响用气、用肥，严重降低了沼气池的使用效果。
1、沼气池漏水、漏气的判断
在试压时（气压法或水压法），当压力表上升到一定位置后，停止加压，观察压力变化情况，若先快后慢地下降，则说明是满水；若以均匀速度下降，则说明是漏气。
漏水多数是由于建池地基选择和处理不当，以及进、出料管搭接处或与池墙结合部位密封与强度不够。当池体装水后，地基下沉，往往将进、出料管（特别是在与池墙结合处）折断而产生严重漏水。也不因砖块筑水压间时，没有满浆，或水泥砂浆抹时没有压紧造成孔隙而产生渗漏。严重漏水的沼气池容易觉察。一般池内液面下降到某一水位，不再下降，其漏水处也大致在这一水位附近。查到裂缝处，采取相应的常规措施，加固修复即可。
漏气多数是气室的密封层没有做好，应采取用密封涂料渗水泥将气室再粉抹一次。
漏气池在使用过程中，若发现水柱向进气方向移动（移动力向相反），即出现负压，则说明沼气池漏气水；若水柱移动停止或移动到一定高度不再变化，则说明沼气池漏气。
漏水时应将沼气池的料液出尽进行维修；漏气时有可能沼气池气室漏气或活动盖漏气或管道漏气，要表个排除找到具体漏气部位进行维修。
2、新沼气池装料不产气
出现这种情况，大体上有以下原因：
（1）装料时没有加入足够数量的接种物，池内产甲烷菌少，使沼气发酵不能进行；
（2）加入沼气池的料液水温低于12℃以下，抑制了甲烷菌的生命活动，如在北方寒冷地区第一次加料时是寒冷季节，池温低，会造成长时间不产气；
（3）沼气池的发酵液浓度过大，初始所产的乙酸产甲烷菌吃不了，使挥发酵大量积累导致料液酸化。
3、装料后产气很少且有气燃烧不理想
这种情况多见于冬季气温低的时候。原因是：沼气池密封性不强，可能漏水或漏气；输气管道、开关或可能漏气；缺乏产甲烷菌的生长；可能是池温太低。
解决办法：新建沼气池及输气系统均应进行试压检查，必须达到质量标准，保证不漏水不漏气才能使用；排放池内不可燃气体，添加菌种，主要是加入活性污泥或粪坑、老沼气池中的渣液，或换掉大部分料液；注意调节发酵液的pH为6.8~7.5。判断发酵液是否过酸，除用pH试纸测试外还可根据沼气燃烧时火苗发黄、发红或者有酸味来判断。
调节pH的方法：从进料口加入适量的草木灰或适量的氨水或石灰水等碱性物质，并在出料间取出粪液倒入进料口，同时用长把粪瓢伸入进料口来回搅动。用石灰调节pH时，不能直接加入石灰，只能用石灰水。石灰水的量也有能过多，因为石灰水的浓度过大，它将和沼气池内的二氧化碳结合，而生成碳酸钙沉淀。二氧化碳的量减少过多，会影响沼气产量。
4、压力表上升很慢
这时产气量低，一时弄不清产气少，还是漏气。这种情况可用正负压测定。如第一天24小时内压力表水柱由零上升到15厘米，从导管处将输气管拔出，把沼气完全放完，在导气管处临时装一个U型压力表。从水压间取出10桶粪水，使沼气池内变成负压。如果池子有漏洞，池内沼气不会漏出来，只会把池外的空气吸进去。再过24小进，把取出的粪水如数倒入水压间内，观察压力表水柱上升高度，如果与第一次水柱高度相同，说明不漏气而是产气慢；如果比第一次高了许多（因从漏洞吸进了空气），说明池子漏气，应进行检修。同时，对输气管路也应进行检查是否漏气。如果不漏水、漏气是属产气慢，其原因有：
（1）发酵原料不足，浓度太低，产气少；或虽原料多，但很不新鲜，营养元素已经消化完了，使沼气细菌得不到充足的营养条件；
（2）当池内的阻抑物浓度超过了微生物所能忍受的极限，使沼气细菌不能下常生长繁殖，这就要补充新鲜发酵原料或者要大换料了；
（3）原料搭配不合理，粪料太少。