柴油机工作时，配气机构要定时地供给汽缸清洁的空气来与燃油混合燃烧，并要及时地排出废气。配气机构工作状态的好坏，直接影响发动机的运行可靠性。配气机构常见的故障有以下几种；
1气门漏气
气门在发动机活塞做功行程时，是要封闭汽缸的。如果漏气，燃烧室就无法密闭，汽缸压缩终了压力和温度及燃烧暴发压力都无法达到标准值，其结果导致发动机启动困难，功率不足，排气烟度增加，当摇转曲轴至该缸压缩行程时，能在空气滤清器或排气筒处听到嗤嗤声。产生的原因：
（1）气门间隙过小或没有间隙。主要是由于零件磨损或调整不当造成的。气门间隙过小，当发动机工作时，配气机构传力部件受热膨胀，使气门不能完全关闭，出现漏气现象。应重新调整气门间隙到规定值。
（2）气门密封环面过宽，气门密封锥面仅以其全宽的一部分与气门座贴合形成环形密封带。密封带的宽度对气门散热和密封影响很大，气门接受燃气热量的75％要通过锥面传出。但接触带过宽，使接触比压下降，粘附在锥面上的积碳等杂质不易被碾碎和排除，影响气门对汽缸的密封性。通常新气门密封带的宽度为1～2mm，使用中由于磨损等原因，密封带会逐渐加宽。为保证气门与气门座良好贴合，装配前需要把气门头部和气门座二者的密封面仔细研磨，使密封带成为一个连续、均匀、宽度符合要求的环带。为了改善气门头部和气门座的耐磨性和耐腐蚀性，有的柴油机在排气门密封锥面上堆焊了一层特殊合金。YC6105QC型柴油机排气门头部则用21-4N硬质合金。
（3）气门和气门座由于积碳、磨损和烧蚀，使接触环带贴合不好。油雾化不良，燃烧不完全，烧机油，机车低温工作时间较长，以及发动机长时间超负荷作业，使柴油机供油量过多，排气温度过高，发动机燃烧不良，这些原因都使发动机燃烧室积碳，烧蚀气门产生凹穴或麻点，造成气门与气门座接触面处密封不良而漏气。产生积碳后，可将气门拆下，用柴油或煤油浸泡数小时，然后用工具去掉积碳。清洗气门和气门座，并对该两零件进行互研，以恢复接合面的密合性。必要时进行修理或更换。
（4）气门杆与气门导管配合间隙过大。气门导管失去了导向作用，造成气门对中性破坏，左右摆动产生偏磨，应更换气门导管。
（5）气门弹簧折断或弹力严重不足。因气门弹簧长期在高温、高速下工作，会使金属材料疲劳折断或弹力减弱，造成气门与气门座口严密结合。应更换气门弹簧。
2气门不能充分开启
此故障的现象是充气量减小，发动机功率不足，冒黑烟。其原因有：
（1）气门间隙过大。发动机气门留有间隙，是为了在发动机热状态防止金属工件热膨胀而卡死。但是间隙过大，当气门需要打开时，一部分凸轮轴升程首先要消除间隙，这就使得进气门开启比正常要晚一些，而关的早一些。如果进气开启的时间和气门开度都要小于正常值，就会使进气不足，引起燃烧不完全，损失动力性和经济性。如果排气门间隙过大，也会产生排气门晚开早关，造成排气不充分，汽缸内上一个工作循环产生的废气不能完全排除，也会影响进气量，加剧燃烧不完全的倾向。
每一种柴油机对气门间隙都有自己的要求，调整方法也会有所不同。如YC4110Q柴油机气门间隙调整方法：将曲轴转到第一缸工作上止点（指针对0，第一缸进、排气门均处于关闭位置），此时可调整第一缸的进、排气门间隙。松开调整螺钉的锁紧螺母，将塞尺放入气门与摇臂之间，旋转螺钉，使塞尺刚好被压住为好，再固定锁紧螺母即可。然后按1-3-4-2的各缸发火顺序，每旋转360。曲轴转角，调整下一缸的进、排气门间隙。又如YC6105QC柴油机气门间隙调整：转动曲轴，指针对0，第一缸进、排气门均处于关闭位置。根据柴油机工作顺序1-5-3-6-2-4，此时可调整1、2、3、6、7、10六个气门的间隙（顺序从前端算起）。再使第六缸处于压缩上止点，调其它气门。
（2）配气机构各零件磨损严重，应修理或更换。
3凸轮轴前轴承衬套磨损
衬套磨损后，由于凸轮轴的晃动，使气门间隙和气门开度发生变化，发动机工作不平稳，冒黑烟。此时，应更换凸轮轴前轴承衬套。
4配气机构异响
异响是机器故障的外部表现形式，配气机构异响表明其技术状态异常，需进行停机检查，排除故障。异响常见的有以下两种：
（1）气门碰撞活塞响。发动机出现当、当的响声，响声由小到大，很快发展到不能再继续工作的地步。主要原因有：装配时正时齿轮记号没有对准，或因磨损等原因造成配气相位错误，气门开关时刻错误，造成与活塞相撞击。
（2）发动机气门脚响。响声随发动机的转速改变而变化疏密，在发动机高、中、低速时均有响声，且与点火过早的响声有明显区别、怠速下，在气门室或气门罩处听诊，异响非常明显，气门脚响清脆有节奏，在发动机周围就能听到较为清晰的响声，可断定为气门脚响。将气门室盖拆下，在怠速时用适当厚度的厚薄规插入气门间隙处，若响声消失或减弱，即可确诊为该气门间隙过大。