农用柴油机车与汽油发动机相比，有燃料经济性好、耐久性强、功率范围大、排放污染少、工作可靠等优点，但在修理与维护中它与汽油发动机还有一定的差异和特点，必须加以注意。
一是曲轴轴瓦、连杆轴瓦与其轴颈的配合间隙跟汽油机相比要大一些(曲轴轴瓦一般为0.05～0.15mm)，这样方能形成较厚的油膜，承受较重的机械冲击载荷，并将轴与瓦摩擦生成的热量带走。如果配合间隙过小，很容易引起抱瓦烧轴的机械事故。
二是活塞配缸间隙较大、气缸密封程度高。柴油机活塞配缸间隙比汽油机要大(一般在0.10～0.20mm，而汽油机在0.04mm左右)，形成较厚的油膜，而得到较充分润滑。并能将其热量通过缸壁及时散去。否则容易出现活塞抱缸、拉缸的机械故障。
三是因柴油机为压燃式，即在压缩行程接近终了时，被压缩的空气具有相当高的压力和温度，此时高压喷入的燃油与之相混合，便自行发火点燃，所以柴油机气缸密封程度要求高，若气门密封不严，压缩比发生变化会引起启动困难，功率降低等故障。维修中尤其要将缸垫装好，气门与阀密封、配合良好。
四是柴油机的柴油与机油要确保清洁。柴油会被水与各种有机物及无机物所污染，其中机械杂质特别值得注意。按车用柴油机的技术条件，是不允许柴油中含有机械杂质的，但在运输、储存和使用过程中，可能使其受到污染而混入杂质，对柴油机零部件的磨损会产生很大的影响。因此，使用中，要求燃油过滤严密、高度清洁，避免杂质随燃油经密封偶件进入气缸，这些杂质进入燃油系统后会加剧偶件的磨损，甚至发生堵塞和卡滞。使用前，燃油必须采取沉淀42～74h的办法，以保证燃油高度清洁，这对延长柴油机使用寿命有一定作用。检修中，应对燃油系统进行彻底清洗，必要时更换。
五是燃油系统须保持高度的密封性，各密封件保持完整无缺，管路畅通，发现磨损件应及时更换，以免燃油管路中漏油渗气。燃油系统进入的空气必须排除干净。燃油箱维护时，拆卸低压油管，清洗燃油滤清器、调校喷油泵、排放燃油滤清器污物。燃油系统中进入的空气，可用喷油泵上的输油泵进行输油，即可将低压油路中的空气排尽。运转时燃油系统中进入了空气，会迫使柴油机自行熄火。此时排除就比较困难。排空气时一定要仔细检查，不能乱拆乱换，根据具体情况进行分析，然后操作，以便准确迅速地排除燃油系统中的空气。机油中的杂质由有机物和无机物两部分组成的，无机杂质主要是空气中的灰尘和一部分零件磨损下来的微粒。一般柴油机机油中杂质不应超过1.0%～1.2%，为了延长柴油机的使用寿命，应及时更换机油。
六是供油提前角调整，要求严格准确。喷油泵、喷油器在维修中应在专用设备(试验台)进行校正，不允许随意调整喷油压力;更不允许乱拧喷油泵上的调整螺钉，以免造成发动机飞车、排黑烟、耗油量大、功率不足、启动困难等故障。柴油机压缩比及气缸压力都比较大，因此，运转振动也大，必须在车架上固定支点牢固可靠。前后固定支点减振胶垫应完整无缺，必要时换新补齐，以保证柴油机可靠而稳定地工作。
七是柴油车的空气滤清器要保持清洁。由于气缸内表面硬度低，如果进入的空气中灰尘过高，就会引起气缸早期磨损。尤其空气供给系统中，如进气管破损，橡胶管接合不密封，以及空气滤清器的滤芯质量差，甚至当空气滤清器堵塞，传感器孔处破损，也会因吸入未经过滤器的空气而使气缸磨损。对于柴油机来说，空气的过滤十分重要，使用惯性旋流式纸质滤芯，一般行驶到20000～30000h，予以更换。若空气供给系统存在问题，会引起柴油机的气缸、活塞早期磨损，发动机功率下降等严重问题。而且当空气滤清器堵塞，进气支管不畅通等故障时，会使燃油消耗增加，燃烧不完全，引起冒黑烟和HC、CO、NO等含量增加，污染环境。
八是维修后柴油机要注意预防飞车。柴油机突然超出最大限定转速，而且放松加速踏板后转速不仅不降低，反而继续增高并伴有较大的响声，排气管冒浓烟谓之飞车。凡是喷油泵校正，尤其调速器内部零件更换，各件配合程度、尺寸变化、调整位置不合理，都有可能使供油拉杆卡滞，调速飞锤张不开，调速杠杆作用不佳等，装复后在试车中都有可能出现飞车。必要时采取紧急措施熄火，防止事故发生。