生物肥料种类很多，过去仅仅作为一种辅助性肥料（因为它本身不含有作物生长所需要的营养元素，而是通过自身微生物的生命活动，改善作物营养条件，比如固定空气中的氮素，参与养分转化，促进作物对养分的吸收，分泌各种激素刺激作物根系发育，抑制有害微生物的活动等，以达到促进作物生长的目的），现今生物肥料得以进一步发展，可以提供作物各种养分，如将活的微生物特定种或菌株与微量元素复（混）合而成的生物微肥等。
根据不同种类菌肥的作用不同，将生物肥料分为五大类：一是有固氮作用的菌肥，包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮蓝藻等；二是分解土壤有机物的菌肥，包括有机磷细菌肥料和复合菌肥料；三是分解土壤中难溶性矿物的菌肥，包括硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料等；四是促进作物对土壤养分利用的菌肥，包括菌根菌肥料等；五是抗病及刺激作物生长的菌肥，包括抗生菌肥、增产菌肥等。