在新疆棉花种子作为常见的种子，种植面积大远远超过其他作物，其发芽率的质量评价是非常重要的。棉花发芽率与其他领域作物相比，即使真空吸种置床仪将其放在发芽箱内最佳条件，也会容易枯丝核菌，萌发率的检测通常是低于实际种子发芽率，因此使用真空数种置床仪需要注意操作。
甚至合格的发芽率的种子做成不合格的种子，给销售和调运带来困难。很多结合使用真空吸种置床仪的萌芽试验经过近几年的实践和摸索，认为应做好水分、光照、培养基等各方面的关键控制。比如棉种对水分较敏感，用较低的水分砂床，既要满足种子发芽的水分需求，又保证氧气的供应，所以真空数种置床仪处理的种子要注意水分分析。
真空吸种置床仪试验中发芽床的制作是关键之一，根据种子的发芽率以幼苗鉴定为准。用砂子作发芽床，先将消毒过的砂子倒入瓷盘中用水拌湿，使其含水量在75%～80%，然后用二重皿的底盘盛砂子1.0～1.5cm，使砂子在二重皿内处于疏松、平坦且均匀状态。
在真空吸种置床仪将种子置床时，为使种子处于一致状态，应将干棉籽大头朝上，尖头（发芽孔部位）朝下，直插入砂子，然后将棉籽按下与砂面平。最后再均匀盖砂子1.0～1.5cm，轻按压。盖上盖子放入已消过毒、调制适宜的温度的发芽室内。