柴油发动机水箱中存在有机油的原因之一可能是发动机密封件损坏。发动机的密封件包括活塞环、气缸垫片、气缸体、曲轴箱等，如果其中任何一个密封件损坏或老化，就会导致柴油发动机内部的机油泄漏到冷却水箱中。
柴油发动机水箱中存在有机油的原因还可能是发动机过热。发动机过热会导致机油变稀，从而使机油的粘度下降，进而导致机油泄漏。当发动机过热时，冷却系统的温度升高，冷却剂的温度也会升高，这样机油就很容易进入冷却系统，从而出现有机油的现象。
另外，柴油发动机水箱中有机油的原因还可能是发动机内部出现故障。例如，柴油发动机的缸体、缸盖或冷却管道出现裂纹或损坏，就会导致机油渗入冷却系统。此外，如果柴油发动机的水泵密封件损坏，也会导致机油泄漏到冷却系统中。