手扶拖拉机齿轮箱有杂音的一个可能原因是齿轮箱内部的润滑油不足或者污染。手扶拖拉机齿轮箱内部的齿轮是通过润滑油来保护和润滑的，如果润滑油不足或者污染，就会导致齿轮磨损过度，从而出现杂音。
手扶拖拉机齿轮箱内部的齿轮损坏也是出现杂音的一个可能原因。如果齿轮受到外力磨损或者损坏，就会导致齿轮在运转时发出杂音。
此外，手扶拖拉机齿轮箱内部的轴承也可能会出现问题，导致齿轮箱出现杂音。手扶拖拉机齿轮箱内部的轴承是用来支撑和保护齿轮的，如果轴承受到损坏或者磨损，就会导致齿轮运转不稳，从而出现杂音。
手扶拖拉机齿轮箱出现杂音的原因也可能是由于设备使用不当或者维修不到位所引起的。如果手扶拖拉机在使用过程中没有得到及时维修或者保养，就有可能导致齿轮箱出现杂音。