水冷式发动机与风冷式发动机的冷却方式不同。水冷式发动机采用水循环冷却，通过水泵将冷却水循环流动，将发动机热量带走。而风冷式发动机则是通过自然风或风扇将发动机散热。在高温和高负荷情况下，水冷式发动机能够更好地保持发动机温度的稳定性，而风冷式发动机则需要更多的进气量才能保持一定的散热能力。
水冷式发动机和风冷式发动机的噪音差异。水冷式发动机的噪音相对风冷式发动机更低，因为水冷式发动机可以通过隔音后盖来降低噪音。而风冷式发动机则无法通过隔音盖来降低噪音。此外，水冷式发动机的故障率相对较低，寿命较长，而风冷式发动机则更适合于低功率和短时间使用。
水冷式发动机和风冷式发动机的维护成本也有所不同。水冷式发动机的维护成本相对较高，因为需要定期更换冷却液和冷却系统的维护。而风冷式发动机则只需要定期更换空气滤清器即可。