应定期检查农用柴油机的外观和内部部件。外观检查包括柴油机的机壳、油箱、散热器等部分，确保其无裂纹、变形等损坏情况。内部部件检查包括柴油机的活塞、气缸、曲轴等，确保其运转正常、无杂音和磨损。
正确选择和更换柴油机的燃油。柴油机应使用优质的柴油，避免使用劣质或掺假油品，以防止燃烧不完全、积碳增多和部件磨损加剧。另外，柴油机的燃油滤清器也需要定期更换，以确保燃油的清洁度，避免杂质进入柴油机内部。
正确操作农用柴油机。在启动柴油机前，应确保柴油机处于停机状态，并检查冷却水、润滑油等液位是否正常。启动柴油机后，应让其怠速运行一段时间，使其温度逐渐升高，然后再逐渐增加负荷，避免冷启动造成的损坏。
此外，农用柴油机的定期维护也是非常重要的。包括定期更换机油、清洗空气滤清器、调整喷油嘴等工作。定期维护可以保持柴油机的正常运行状态，减少故障发生的可能性，延长柴油机的使用寿命。
使用农用柴油机时也要注意安全。避免在室内或密闭空间中使用柴油机，以免产生有害气体引发危险。使用柴油机时，应穿着合适的防护服和防护装备，避免发生意外伤害。