操作不当是导致手扶拖拉机故障的主要原因之一。例如，过度加速或急刹车可能导致车轮损坏或制动系统失灵。此外，长时间在高速或坑洼路面行驶也会对车辆结构造成损坏。因此，正确的操作手法对于保护手扶拖拉机的运行非常重要。
缺乏定期维护和保养也会引发手扶拖拉机的人为故障。这包括不及时更换机油、润滑油等润滑剂，不清理空气滤清器和燃油滤清器，以及忽略检查和调整轮胎气压等。这些维护措施的疏忽会导致机械部件磨损加剧，影响手扶拖拉机的正常运行。
另外，不合理的负荷使用也会引起手扶拖拉机的故障。手扶拖拉机在作业时需要根据不同的负荷要求进行调整。如果超负荷使用或长期在高负荷下工作，可能会导致发动机过热、电路短路、液压系统泄漏等问题。因此，合理的负荷分配对于保证手扶拖拉机的正常运行至关重要。
忽视安全操作规程也是引起手扶拖拉机故障的原因之一。例如，不戴安全帽、不穿适合的工装以及忽视其他安全措施可能导致工作人员受伤或事故发生。同时，没有经过专业培训的操作人员可能会错误操作手扶拖拉机，也会引发严重的故障。