小型手扶拖拉机旋耕机在耕地时会产生较大的噪音和振动。这种噪音和振动可能会对农田周围的环境和居民造成干扰和不适。特别是在城市或住宅区附近的农田使用旋耕机，可能会引发噪音投诉和环境污染问题。
小型手扶拖拉机旋耕机在耕地操作时，可能会对土壤造成一定程度的压实。由于旋耕机的结构和重量，使用时会对土壤施加一定的压力。长期的使用可能会导致土壤团粒结构破坏和土壤结构变得致密，从而影响土壤的透气性、渗透性和保水性。
此外，小型手扶拖拉机旋耕机在耕地时，也可能会对土壤中的有机质和微生物造成一定的损害。旋耕机的旋转刀片在耕地过程中会将土壤翻动，这可能会破坏土壤中有机质的结构和微生物的生存环境。长期的使用可能会导致土壤贫瘠化和生态环境退化。
小型手扶拖拉机旋耕机在耕地时需要耗费大量的燃料和能源。由于旋耕机需要不断地旋转刀片，以达到耕地的目的，因此需要消耗较多的燃料和能源。这不仅增加了农民的经济负担，也对环境造成了一定的影响。