造成粮箱里的籽粒不干净的主要原因之一是作物收割时损失的籽粒。在收割过程中，不可避免地会有一部分庄稼的籽粒散落到地面上或被撞击碎裂。这些损失的籽粒会随着庄稼一起被收割机带入到粮箱中。因此，为了减少这种损失，农民可以采取一些措施，比如合理设置刀片高度、调整割台转速等，以减少庄稼的破损和散落。
联合收割机本身的设计和工作机制也会导致粮箱里的籽粒不干净。例如，收割机的振动和震动会使得一些细小的杂质进入粮箱，比如土块、草根等。此外，收割机在作业过程中会产生大量的灰尘和颗粒物，这些物质也会附着在庄稼籽粒上。为了解决这个问题，可以在作业前将收割机进行彻底的清洁和维护，确保机器的各个部件正常工作，并及时清理粮箱内的杂质和积尘。
粮箱里的籽粒不干净还可能与储存和运输过程中的操作不当有关。储存和运输过程中，粮食可能与空气接触，吸收了一定量的湿气，从而导致籽粒变得不干净。因此，在储存和运输过程中，应注意保持粮食的干燥和密封，以防止湿气的侵入。