对于拖拉机联合收割机使用安全违法行为中的超载问题，法律规定处以罚款的方式进行处罚。超载会导致拖拉机联合收割机的工作效率下降，甚至会损坏机械设备。为了确保安全运行，法律规定对于超载的情况，将以每超载一吨为单位，处以相应的罚款。
对于拖拉机联合收割机使用安全违法行为中的超速问题，法律同样规定了处以罚款的方式进行处罚。超速行驶会增加事故发生的风险，可能导致机械设备的破损和人员的伤亡。为了维护道路交通秩序和农业生产的安全，法律规定对于超速行驶的情况，将以超速时速超过规定限速的百分比比例为依据，处以相应的罚款。
此外，拖拉机联合收割机使用安全违法行为中还涉及到其他问题，如未经许可擅自驾驶、疲劳驾驶、违反交通信号等。针对这些问题，法律规定了相应的处罚标准。未经许可擅自驾驶将被处以罚款，并可能面临吊销驾驶证的处罚。疲劳驾驶会增加事故发生的风险，法律规定对于疲劳驾驶的情况，将处以罚款并可能吊销驾驶证。违反交通信号也会被处以罚款和扣分。