空壳、挂牌农机专业合作社是指以非农机经营主体为基础，购买农机设备并向农民提供农机服务的组织形式。由于其经营主体不具备农机管理经验和技术能力，农机部门在管理空壳、挂牌农机专业合作社时需要采取一系列措施。
农机部门应加强对空壳、挂牌农机专业合作社的监管。这包括对其成立、注册、设备购买、业务开展等方面进行严格审核，确保其合法合规。此外，农机部门还应定期对合作社的经营状况进行检查，发现问题及时采取措施加以整改。
农机部门应加强对空壳、挂牌农机专业合作社的技术指导和培训。经营主体并非专业农机经营者，因此在农机操作、维护和修理等方面可能存在不足。农机部门应为合作社的农机操作人员提供培训，提高其农机操作技能和维修能力，确保农机的正常运行，提高农机服务质量。
此外，农机部门还可以通过与农机专业合作社的合作，共同制定服务规范和标准。农机部门可以提供技术支持和咨询，帮助合作社制定合理的农机服务收费标准，并指导其开展农机服务，确保服务的合法、规范和高质量。
农机部门应建立健全的监督机制。对于违反农机管理规定的空壳、挂牌农机专业合作社，农机部门应及时予以查处和处理，加大对违法违规行为的打击力度。同时，农机部门还可以引入第三方机构对合作社的经营情况进行评估，为农机部门的监管提供参考和指导。