使用后的保养是保证手扶拖拉机寿命的关键。每次使用后，应该及时清洗手扶拖拉机的外部和内部部件，特别是底盘和发动机，以去除积尘和杂质。同时，要检查并更换润滑油和滤清器，确保油品清洁和润滑效果良好。另外，要定期检查并紧固螺栓和螺母，防止松动和脱落，提高安全性能。
冬季入库是手扶拖拉机保养的重要环节。在冬季入库前，要将手扶拖拉机彻底清洗干净，包括底盘、车轮、发动机等部件。同时，要检查并清除废弃物和残留物，防止引起腐蚀和损坏。此外，可以对手扶拖拉机进行润滑和防锈处理，以延长使用寿命。还要及时更换冷却液，确保不结冰和不腐蚀。对于长时间不使用的手扶拖拉机，可以拆卸电池进行存储，并保持电池的干燥和清洁。
冬季入库还需要注意存放环境。手扶拖拉机应该存放在阴凉、干燥、通风的地方，远离阳光直射和雨水浸泡。可以使用专门的防尘罩进行覆盖，防止灰尘和湿气的侵入。此外，还要注意存放位置的平整度，防止手扶拖拉机倾倒或受损。