操作不规范是造成拖拉机变速器乱档的主要原因之一。在操作拖拉机时，由于驾驶员的操作不熟练或者对变速器的使用不正确，经常会出现档位转换不准确的情况。例如，操作者在换挡时没有完全释放离合器，导致档位无法顺利切换或者出现档位跳跃；又或者是操作者在换挡时没有准确地找到档位，导致档位错误，都会造成拖拉机变速器乱档。
拖拉机变速器内部零部件的磨损也是导致乱档的原因之一。使用一段时间后，拖拉机变速器的齿轮、轴承、同步器等关键部件会因为磨损而出现松动或者失效的情况。这些磨损问题会导致拖拉机变速器工作不稳定，无法准确切换档位，从而出现乱档现象。
此外，拖拉机变速器润滑系统的故障也可能导致乱档。拖拉机变速器的正常工作需要有良好的润滑条件，以保证各个零部件之间的摩擦和磨损得到有效的控制。如果润滑系统存在故障，例如润滑油不足、油品质量不合格或者润滑系统出现漏油等问题，都会导致拖拉机变速器工作不稳定，出现乱档情况。