根据《中华人民共和国行政许可法》，注销的拖拉机和联合收割机驾驶证属于行政许可事项。根据相关规定，行政许可事项的档案保管期限为十年以上。因此，注销的拖拉机和联合收割机驾驶证的档案应至少保存十年。
根据《档案鉴定办法》，注销的拖拉机和联合收割机驾驶证的档案属于行政管理档案。根据相关规定，行政管理档案的保管期限通常为五年以上。因此，注销的拖拉机和联合收割机驾驶证的档案最少应保存五年。
此外，根据地方性规定，各省、市、自治区都可以根据实际情况制定相应的档案保管期限。因此，不同地区对于注销的拖拉机和联合收割机驾驶证的档案保管期限可能存在差异。