当农机操作人员发现拖拉机驾驶证丢失时，应立即向所在的农机监理机构报告。农机监理机构应高度重视并记录该报告，确保及时处理该问题。接到报告后，农机监理机构应主动与农机操作人员联系，核实相关信息，了解丢失驾驶证的具体情况和时间。
农机监理机构应设立专门的窗口或办公室，负责处理和补发拖拉机驾驶证。该窗口或办公室应配备专业人员，熟悉相关流程和规定，并能够提供相关咨询和帮助。农机操作人员可携带相关证明材料，如身份证、户口簿等，前往农机监理机构办理补发手续。
农机监理机构应在收到补发申请后的一定时间内办理补发手续。具体的时间要求可以根据实际情况和当地政策来设定。一般来说，农机监理机构应在几个工作日内完成补发手续，确保农机操作人员能够及时取得新的拖拉机驾驶证。在补发过程中，农机监理机构应进行严格的审核，确保驾驶证的真实性和合法性。
农机监理机构应向农机操作人员详细介绍新的拖拉机驾驶证的使用规定和注意事项，确保农机操作人员能够正确使用新的驾驶证。农机操作人员在取得新的驾驶证后，应妥善保管，避免再次丢失，并遵守相关法律法规，保障农机操作的安全和合法性。