粪污干湿分离机的处理效果并不是完全理想的。在实际使用中，由于粪污中的水分和固体成分的比例不同，粪污干湿分离机处理出来的固体和液体的比例也不尽相同。这就导致了在使用粪污干湿分离机的过程中，往往需要额外的手动处理才能完全分离干湿垃圾。
粪污干湿分离机的耐用性不够。由于粪污干湿分离机需要处理的物质含有一定的酸碱度和腐蚀性，而且在使用过程中需要频繁地清洗和维护，这些都会给机器本身带来很大的损耗，降低其使用寿命和效率。
此外，粪污干湿分离机的价格相对较高。目前市面上的粪污干湿分离机价格普遍在几千元到数万元之间，这对于一些中小企业和家庭用户来说，成本比较高，不容易承受。