发动机配气机构的设计对充气效率有着直接的影响。合理的配气机构设计能够提高进气阀的开启程度和开启时间，从而增加气缸充满气体的数量。例如，采用高性能凸轮轴和可变气门正时系统等技术能够改变进气阀的开启时机和持续时间，使得气缸能够充满更多的混合气。此外，通过改变气门的升程和升程曲线，也能够改善进气阀的开启程度，提高充气效率。
气缸充气对充气效率也有重要影响。气缸的充气是指在进气阀开启期间，气缸内空气与进气道中的混合气的交换过程。充气效率取决于气缸的容积、进气道的设计和进气阀的控制等因素。增大气缸的容积可以提高充气效率，因为更大的容积可以容纳更多的混合气。此外，进气道的设计也能够影响充气效率，例如通过增加进气道的截面积或采用进气道增压技术等方式，可以提高进气阀的开启程度和时间，增加充气效率。
进气阀的控制方式也会影响充气效率。进气阀的控制方式通常有机械控制、电子控制和涡轮增压等多种方式。不同的控制方式会影响进气阀的开启程度和时间，从而对充气效率产生影响。例如，电子控制方式可以实现精确的进气阀控制，从而提高充气效率。而涡轮增压技术通过增加进气压力，可以提高气缸充气效果，进一步提高充气效率。