秸秆捡拾打捆机捡拾不干净的原因之一是机器本身的问题。由于机器的设计和制造不同，一些机型可能无法完全适应不同类型的秸秆。例如，捡拾麦秆的机器可能不太适合捡拾玉米秸秆。机器捡拾不干净的主要原因可能是机器的捡拾器设计不合理，无法将秸秆完全捡拾起来或者无法及时清理撒落的秸秆。另外，机器的工作状态也会影响捡拾的效果，例如机器的速度过快，无法充分捡拾秸秆，或者机器的振动力不够强大，无法将秸秆从地面彻底撤离。因此，机器本身的问题是导致捡拾不干净的一个重要原因。
捡拾不干净的原因可能与秸秆本身的特点有关。秸秆在自然界中会经历一系列的变化，例如变质、腐烂等。这些变化会导致秸秆的质量变差，增加了捡拾的难度。此外，秸秆与泥土、杂草等杂质混合在一起，使得捡拾过程更加复杂。由于机器的捡拾装置难以区分杂质和秸秆，因此，一些杂质可能会被误认为是秸秆而未被清除。这也是导致捡拾不干净的原因之一。
人为操作不当也是导致捡拾不干净的原因之一。操作人员在操作捡拾打捆机时需要具备一定的技能和经验。如果操作不当，例如操作速度过快或者不够灵活，就会影响捡拾的效果。此外，操作人员在使用机器时需要及时清理秸秆容器和排渣装置，以保持机器的正常工作状态。如果操作人员对机器的维护不到位，也会影响捡拾的效果。