制造过程中的缺陷是拖拉机零件不合格的主要原因之一。制造过程中，可能存在原材料的问题，如原材料质量不合格或者使用了低质量的原材料。这些原材料的问题会直接影响到零件的质量。此外，制造过程中可能存在工艺上的问题，如工艺流程不完善、操作不规范等。这些问题都会导致零件的制造质量下降，从而影响拖拉机的整体性能。
设计问题也是拖拉机零件不合格的原因之一。在设计过程中，可能存在设计不合理、不科学的情况。例如，零件的尺寸设计不准确，造成零件无法精准配合；零件的材料选择不当，导致零件在使用过程中易断裂或出现其他问题。这些设计问题都会导致拖拉机零件的质量不达标。
另外，使用环境的影响也是导致拖拉机零件不合格的原因之一。拖拉机在使用过程中会受到各种环境因素的影响，如湿度、温度、腐蚀等。如果零部件不能适应这些环境变化，就容易出现质量问题。例如，零件可能会受潮导致锈蚀，或者在高温下变形等。