机械打捆的秸秆过大可能给农民的储存和运输带来困难。相比于传统的手工打捆，机械打捆的秸秆捆更加紧密，体积更大。这样一来，农民在储存秸秆时需要更大的空间，而且在运输过程中可能会遇到装载和卸载的问题。特别是对于小型农户来说，他们可能没有足够的储存空间或者大型运输车辆，这样就增加了他们的经济负担。
过大的秸秆捆也可能给土地施肥带来问题。秸秆是一种重要的有机肥料，可以有效地改善土壤质量。然而，如果机械打捆的秸秆过大，可能会导致在施肥过程中难以均匀地撒布。过大的秸秆捆可能会导致有些地方过多施肥，而有些地方则施肥不足，这对于均衡的土壤养分供应是不利的。
另外，过大的秸秆捆也可能给秸秆的再利用带来一定的难题。秸秆可以用作饲料、生物质能源等方面。然而，过大的秸秆捆可能不便于进行进一步的处理和利用。特别是在秸秆生物质能源利用方面，过大的捆可能会导致在加工时的不便或者效率低下。