精量播种机滑刀式开沟器的主要缺陷之一是容易造成土壤结构破坏。由于开沟刀的设计原因，它们容易在开沟的过程中将土壤堆积在两侧，导致土壤的固结和压实。这会导致土壤的通气性和排水性下降，影响作物的正常生长。此外，这种开沟器的作业过程中还会引起土壤的混合，从而破坏了土壤的层次结构，影响土壤肥力和养分的供应。
精量播种机滑刀式开沟器的另一个常见缺陷是对土壤质地要求较高。由于开沟刀的切割方式，对土壤的质地有一定的要求，较为湿润的土壤或含有较多杂质的土壤容易造成切割不准确或堵塞开沟刀。这就需要农民在使用过程中进行土壤的预处理，增加了农作业的复杂性和工作量。
此外，精量播种机滑刀式开沟器的机械结构也存在一定的缺陷。由于开沟刀的使用频率较高，容易磨损和锈蚀。当开沟刀磨损或锈蚀严重时，会导致开沟效果不佳或无法正常工作。此外，这种开沟器的结构复杂，维修和更换部件较为困难，给农民带来了不便。