首先是工作原理。水田插秧机采用的是插秧方式，它通过机械装置将秧苗插入土壤中，确保秧苗根部与土壤紧密接触，促进其顺利生长。而水田抛秧机则是通过抛秧方式，将秧苗均匀地抛洒到水田中，使其在水中浸泡一段时间后自行生长。可以看出，水田插秧机是将秧苗直接插入土壤中，而水田抛秧机则是将秧苗抛入水中。
其次是作业效率。水田插秧机通常采用机械化作业，操作方便快捷，能够一次完成大面积土地的插秧任务。而水田抛秧机则需要水稻田中有一定的水深，并且需要较长的时间让秧苗自行生长，因此作业效率相对较低，特别是当土地面积较大时，抛秧的效率往往无法满足需要。
最后是适用场景。水田插秧机适用于水田地块较大，且土壤质地适宜的情况。通过插秧的方式，可以有效保证秧苗的生长，减少插秧过程中的人工劳动量。而水田抛秧机则适用于水稻田中水深较浅的情况下。由于抛秧机将秧苗抛洒到水中，适宜于种植水稻的生长环境。此外，抛秧机也可以在一些不适宜机械插秧的地块上使用，如水稻间作地块或者地势较为陡峭的地块。