农业部作为我国负责农业生产和农村发展的主管部门，对于农业机械事故的认定和调解处理具有重要的责任。农业部通过监督农业机械的生产、销售和使用，制定相关的法律法规，规范农业机械的使用和管理，预防和减少农业机械事故的发生。同时，农业部还会组织专业鉴定机构对农业机械事故进行调查和认定，保障农民的合法权益。
司法部是我国的司法机构，也是负责农业机械事故的认定和调解处理的重要部门。司法部通过依法对农业机械事故进行调查和审理，保障农民的合法权益，维护社会公正和稳定。司法部还会协调相关部门，加强对农业机械事故的预防和管理，有效遏制农业机械事故的发生。
除此之外，还有其他部门也会参与农业机械事故的认定和调解处理，如公安部门、人力资源和社会保障部门等。这些部门各司其职，共同维护农民的合法权益和社会公正。