土壤的质地和肥力是影响施肥深度的关键因素。土壤质地粗糙、疏松，肥力较低的地方要施深些，土壤肥力好的地方就不需要施得太深。
种植的作物也会影响施肥深度。不同的作物对肥料的需求量和吸收深度不同，因此，施肥深度也不同。比如，根深叶茂的玉米作物需要施深些，而根浅叶短的蔬菜则不需要施得太深。
气候因素也会影响免耕播种机的施肥深度。在干旱地区，由于水分供应不足，作物根系较浅，施肥深度应适当降低，以免肥料无法被作物吸收利用，影响作物的生长和收成。
施肥的方式和肥料种类也是影响施肥深度的重要因素。不同的施肥方式和肥料种类对施肥深度的要求也不同。比如，粒状肥料需要施深一些，而液态肥料则不需要施得太深。