柴油发电机和汽油发动机的工作原理不同。柴油发电机采用压燃式工作原理，即燃料与空气混合后，通过高压和高温使柴油自燃，产生能量推动活塞运动，在气缸内完成燃烧过程。而汽油发动机则采用火花点火式工作原理，燃料和空气预先混合，通过火花塞点火后燃烧，产生的爆炸能量推动活塞运动。
柴油发电机和汽油发动机使用不同的燃料。柴油发电机使用柴油作为燃料，柴油具有高能量密度、不易挥发和易于储存的特点，因此适用于长时间运行和大功率输出。而汽油发动机使用汽油作为燃料，汽油有较低的能量密度和易挥发的特点，适用于小功率和短时间运行，如小型机动车和船只。
此外，柴油发电机和汽油发动机在效率上也存在差异。由于柴油自燃温度较高，柴油发电机具有较高的热效率，能够更充分地利用燃料能量，因此其燃油经济性相对较好。而汽油发动机由于点火式工作原理的限制，热效率较低，燃油消耗相对较大。