国营拖拉机站在经营管理方面存在诸多问题。由于计划经济时期长期存在，国营拖拉机站的管理体制相对僵化，缺乏市场化经营的灵活性。这导致了拖拉机站的经营策略和市场开拓能力相对较弱，无法根据市场需求进行及时调整和优化。同时，由于国营拖拉机站的资源配置不合理，设备老化严重，效率低下，导致经济效益无法得到有效提升。
国营拖拉机站的农机服务水平有待提高。在农机服务方面，国营拖拉机站存在着服务质量不高、服务范围有限等问题。由于管理体制的限制，农机服务人员的专业技能和服务意识不足，无法提供高质量的服务。同时，国营拖拉机站的服务范围主要集中在大型农田，对于小农户和山区农田的服务覆盖不足。这些问题导致了农机服务的滞后和不足，进一步影响了农业机械化的经济效益。
此外，农民对农业机械化的接受程度有限，也是影响国营拖拉机站经济效益的重要原因之一。一方面，由于农民对农业机械化的认识不足，很多农户无法意识到机械化对农田的经济效益。另一方面，由于农业机械化对土地要求较高，很多农田无法满足机械化作业的需求。这些问题限制了农机站的市场需求，也影响了经济效益的提升。