使用不合格的柴油可能会导致拖拉机的发动机出现故障。柴油中若含有较多的杂质、水分或含油量高，则会对发动机中的喷油嘴、油泵、气缸等部件产生损害，从而影响发动机的工作效率，最终导致发动机无法正常运转。
使用不合格的柴油还可能对拖拉机的耐久性造成影响。不同品质的柴油在燃烧时产生的温度和压力都不同，如果使用不合格的柴油，其燃烧温度和压力可能会偏高或偏低，从而导致拖拉机的部分零件过早损坏或者疲劳，缩短拖拉机的使用寿命。
使用不合格的柴油也会对拖拉机的环保性造成负面影响。柴油中含有较多的有害物质，如硫、氮氧化物、颗粒物等，长期的使用会对自然环境产生污染，而且还会对人体健康产生不良影响。