在“文化大革命”初期，一些地方的农机管理部门仍能够继续正常运作，但是在随后的几年里，由于政治斗争的加剧和社会混乱，农机管理部门开始出现一系列问题，如干部大量下放、工作重心转移、经费匮乏等，这些问题使得农机管理部门的工作陷入瘫痪。
一方面，由于农村基层组织的解体，农机管理部门难以与农民沟通和协调，导致一些地区的农民在使用农机具方面出现了困难。另一方面，一些农机仍在使用，但是由于缺乏专业人员进行维修和保养，导致农机具的寿命大大降低，同时也增加了农民的使用成本。
在“文化大革命”结束后，农机管理部门逐渐恢复了正常的工作秩序，但是由于之前几年的瘫痪，农机管理部门面临着重建和改进的任务。为了提高管理能力和服务水平，农机管理部门开始加强干部培训，加强技术支持和服务，提高农民的科学使用水平，促进农业的现代化发展。