稻谷脱粒机的机械设计不合理是产生大量碎粒的主要原因之一。机械设计不合理可能导致脱粒机脱粒力度不均匀，谷壳和谷粒之间的摩擦力不平衡。例如，脱粒滚筒的齿距不合适，或者齿条磨损严重，都会增加碎粒率。此外，脱粒滚筒的转速过高，也可能导致碎粒增多。因此，在设计稻谷脱粒机时，应根据不同稻谷的品种和季节特点，合理设计脱粒滚筒和齿距，以减少碎粒的产生。
操作方法不当也是稻谷脱粒机产生大量碎粒的原因之一。操作时，如果调整不当，例如将脱粒滚筒的间隙设置得过小或过大，都会导致碎粒率增加。此外，如果脱粒机进料速度过快，也容易造成碎粒。因此，操作人员应根据稻谷的品种和湿度，合理调整脱粒滚筒的间隙和进料速度，以降低碎粒率。
稻谷的质量问题也会导致稻谷脱粒机产生大量碎粒。如果稻谷过于干燥或过于潮湿，都会增加碎粒的比例。干燥的稻谷易碎，潮湿的稻谷易粘连，都会影响脱粒效果。因此，在脱粒之前，要根据稻谷的湿度进行适当的调节，保持稻谷的适度湿度，以减少碎粒的产生。