保持喷油泵的清洁是维护保养的重要环节。在使用过程中，柴油中会存在杂质和沉积物，这些杂质和沉积物会对喷油泵的正常工作产生不利影响。因此，定期清洗喷油泵是必要的。清洗时，可以使用合适的溶剂和工具将喷油泵进行彻底清洁，特别是清洗喷嘴和喷油泵的进出口部位。
定期更换喷油泵的密封件和零部件也是维护保养的重要内容。喷油泵的密封件和零部件在使用一段时间后会出现磨损和老化，这会导致喷油泵的密封性能下降。因此，定期检查喷油泵的密封件和零部件的状况，并及时更换损坏或老化的部件，以保证喷油泵的正常工作。
另外，定期检查喷油泵的工作压力和喷油量也是维护保养的重要环节。喷油泵的工作压力和喷油量需要符合柴油机的工作要求，过高或过低的工作压力和喷油量都会影响柴油机的性能。因此，定期使用专用工具对喷油泵的工作压力和喷油量进行检查，如有需要，调整喷油泵的工作压力和喷油量，以保持其在正常范围内。
保持柴油的质量和存储环境也是维护保养农用柴油机喷油泵的重要因素。柴油的质量直接影响喷油泵的正常工作，因此，使用高质量的柴油，并定期对柴油进行过滤和清理是必要的。同时，柴油的存储环境也需要注意，避免柴油被暴露在阳光直射和高温环境中，以免影响柴油的质量。