清洗冷却系统是解决发动机冷却泵水垢问题的一种常用方法。可以使用专用的冷却系统清洗剂，根据产品说明进行操作。清洗剂能够有效溶解水垢，恢复冷却系统的正常工作。在清洗过程中，需要将发动机怠速运行一段时间，以确保清洗剂充分循环。清洗后，还应该将冷却系统中的清洗剂彻底排干，以避免对发动机产生不良影响。
定期更换冷却液也是预防水垢问题的重要措施。冷却液中的添加剂会随着使用时间逐渐降解，导致冷却效果下降。因此，建议根据使用手册的要求，定期更换冷却液。更换时，应该将旧冷却液完全排出，并且清洗冷却系统，以确保新的冷却液能够发挥最佳效果。
另外，定期检查冷却系统中的水垢情况也是非常重要的。可以通过检查冷却液颜色、浑浊度和PH值等指标来了解水垢的情况。如果发现有水垢存在，应该及时采取清洗或更换冷却液的措施。同时，还应该注意检查冷却系统中的密封件是否完好，如有发现漏水情况，应及时修复或更换密封件，以保证冷却系统的正常工作。
注意发动机的正常运行状态也能够帮助避免冷却泵水垢问题。定期检查发动机的温度表和报警灯是否正常工作，以及有无异常噪音或震动等情况。如果发现温度异常升高或有其他异常情况，应及时停机检查，以防止水垢问题进一步恶化。