创办农机合作社的登记是为了合法合规经营，应该按照相关法律法规进行。在中国，农机合作社属于农村经济组织，因此，创办农机合作社的登记应该到农业农村部门进行。
农业农村部门是国家层面管理农业、农村事务的部门，负责制定和实施农业农村政策，监管农业农村生产经营活动。在创办农机合作社时，需要向农业农村部门提供相关材料，如合作社章程、成员名单、资金来源等，经过审核合格后可以获得创办农机合作社的许可证书。
此外，创办农机合作社还需要考虑地方性政策和管理要求。在一些地方，如县级政府、农业局、合作经济管理部门等也会参与农机合作社的登记审批。因此，在具体操作时，还需要根据当地的实际情况，寻找相关部门进行咨询并递交相关申请。