农机大院通常是由政府或农业机械部门组织建立的，其组织结构相对庞大，包含多个农机作业队和管理人员。农机大院一般拥有大型农机设备，如拖拉机、联合收割机等，可以提供农户所需的各种农机服务。而农机合作社则是由农户自愿组织起来的，成员之间享有平等的权利和义务，合作社的组织结构相对简单，一般由理事会或负责人来管理和协调。
农机大院的经营方式主要是以提供农机服务为主，通过收费的方式获取经济效益。农户可以通过预约的方式来使用农机大院的设备，并按照一定的标准支付费用。而农机合作社的经营方式则更加灵活，成员们集资购买农机设备，并通过自主作业、代作业或租赁的方式来获取经济收益。农机合作社的成员在经营过程中享有较大的自主权，可以根据实际情况调整作业模式和经营策略。
农机大院和农机合作社在提供的服务内容上也有所不同。农机大院主要提供常规的农机服务，如耕地、播种、收割等。而农机合作社不仅提供农机作业服务，还可以提供农业技术咨询、农产品销售等增值服务。农机合作社还可以发挥成员之间的互助合作作用，共同解决农业生产中的难题，提高农业综合效益。