农机跨区作业需要办理机动车辆通行证。根据《机动车通行证管理办法》，农机具需要在跨区作业前向当地公安交管部门申请机动车通行证。申请时需要提供农机具的相关证件、车辆信息和作业计划等资料，经审核通过后领取机动车通行证，方可跨区作业。
农机跨区作业还需要办理作业许可证。根据《农机作业许可证办法》，农机具在进行跨区作业前需向当地农业部门申请作业许可证。申请时需提供农机具的相关证件、车辆信息和作业计划等资料，农业部门将对作业计划进行审核，审核通过后领取作业许可证，方可跨区作业。
此外，农机跨区作业还需要办理相关保险。农机具在跨区作业过程中可能面临一些风险，因此需要购买相应的保险。通常包括机动车辆保险、第三者责任保险和机动车辆损失险等。购买保险时需要提供农机具的相关证件和车辆信息，确保在发生意外情况时能够得到相应的理赔和赔偿。
农机跨区作业还需要遵守当地的相关法规和规定。不同地区可能有不同的规定，农机具在进行跨区作业时需要遵守当地土地利用规划、农田保护政策等，确保作业符合法律法规的要求。