水垢过多会导致冷却系统的散热能力下降。水垢在冷却系统内壁上逐渐形成厚层，阻碍着冷却水与金属散热部件之间的热传导。这会使得柴油机在高温条件下无法有效地散发热量，导致发动机温度过高，进而引发发动机的过热故障。过热会导致发动机损坏，甚至引发爆缸等严重故障。
水垢过多还会影响冷却系统的流动性。水垢会在冷却系统的管道中积聚，并逐渐形成阻塞物。阻塞会导致冷却水的循环不畅，不能有效地将热量带走。这将使得柴油机在运行过程中温度分布不均匀，一部分区域过热，而另一部分则无法得到充分的冷却。长此以往，柴油机各部件的热负荷不均衡，容易造成零部件的损坏和排气废气的增加。
此外，水垢还可能导致冷却系统的腐蚀。水垢中含有的杂质和化学物质会与金属表面发生反应，腐蚀金属散热部件。这将导致冷却系统的泄漏风险增加，造成冷却水流失，进而影响冷却系统的正常运行。同时，腐蚀还会使得金属表面变得粗糙，进一步加剧水垢的沉积，形成恶性循环。