使用不当是拖拉机变速箱产生故障的主要原因之一。一些农民在使用拖拉机时，往往没有正确操作变速箱，比如频繁的急停急启动，或者在高速行驶过程中突然切换档位，这样会给变速箱造成很大的负担，导致其过早损坏。因此，正确的操作和驾驶技巧对于减少拖拉机变速箱故障非常重要。
缺乏定期维护是拖拉机变速箱故障的另一个主要原因。由于工作环境的特殊性，拖拉机常常会面临严峻的工作条件，如尘土、泥浆等。这些杂质会进入变速箱内部，引起零部件磨损和腐蚀，最终导致故障。因此，定期更换变速箱油和定期清洗过滤器等维护措施是必不可少的。此外，还应注意定期检查变速箱的工作温度和润滑情况，及时发现问题并予以解决。
此外，设计和制造缺陷也是拖拉机变速箱故障的原因之一。有些拖拉机制造商在设计和制造过程中可能存在一些不合理的结构和材料选择，导致变速箱的耐用性不足。例如，变速箱中的齿轮和轴承，如果质量不过关，容易出现断裂或磨损等问题。因此，在选购拖拉机时，选择信誉好、质量有保证的品牌和生产厂家是降低故障发生的有效途径。