整地只用旋耕机不深翻，很容易导致土壤层次混乱，影响作物的生长。因为旋耕机只是在土表层进行翻耕、破碎、松土等工作，不能将土壤深度翻扰，也就不具备改变土壤层次结构的能力。如果长期使用旋耕机进行整地，土壤上层会因为缺乏下层的支撑，变得异常松散，虽然可以让根系生长快速，但是也容易受到风吹、叶片卷曲等因素的影响。
单一机械整地会使土壤紧缩，使得土壤中的氧气和水分分布不平衡，影响作物的根系生长。由于旋耕机只是在上层土壤进行翻耕，难免会压实土壤。这样容易导致土壤中氧气和水分难以均匀分布，甚至严重影响作物根系的发育。如果长期不改变整地方式，这种不良现象可能会更加严重。
单一机械整地会使土壤逐渐硬化，影响作物的长期生产。由于旋耕机只进行上层翻耕，而且同样的位置多次翻耕，不仅会使土壤层次混乱，还会使土壤逐渐硬化。这样的土壤对于作物的生长不利，也会导致土壤中有机质的流失。如果这种问题长期存在，可能会导致土壤失去肥力，对于作物的长期生产产生不利影响。