首先是工作原理上的区别。两冲发动机是指在运转过程中，每两个活塞行程完成一次工作循环，即吸气、压缩、爆发、排气等四个过程，而四冲发动机则需要四个活塞行程完成一次工作循环。由于两冲发动机的工作循环较为简化，所以其结构相对来说更为简单。
其次是性能表现上的区别。由于四冲发动机有较多的活塞行程完成一次工作循环，所以每个活塞行程的运动更为充分，可以更好地实现吸气、压缩、燃烧和排气等过程。这样可以更有效地提高燃烧效率，减少能量损失，从而提高发动机的功率和燃油经济性能。相比之下，两冲发动机的工作循环相对简化，燃烧效率较低，功率输出和燃油经济性能也相对较差。
最后是适用领域上的区别。由于四冲发动机在燃烧效率和功率输出方面的优势，它被广泛应用于汽车、摩托车、飞机等各种交通工具中。而两冲发动机由于结构简单、重量轻、体积小等特点，适用于一些对动力要求不高、体积限制较大的场合，比如小型摩托车、发电机等。