灭茬整地机对土壤的机械破坏性较大。整地机在作业过程中需要对土壤进行翻耕、松土等处理，这样会导致土壤颗粒的破碎，破坏土壤结构。土壤结构的破坏会导致土壤的团聚力减弱，导致土壤松散度增加，进而影响土壤的保水性和保肥性。此外，整地机的重量和运行过程中的震动也会对土壤造成机械压实，增加土壤的密实度，进一步影响土壤的通气性和透水性。
灭茬整地机在作业过程中会破坏土壤的微生物群落。土壤中存在着丰富的微生物，包括有益微生物和有害微生物。整地机的作业过程会将土壤中的微生物与茬草、残留物一同破碎混合，导致土壤中有害微生物的扩散，从而增加了土壤病虫害的发生风险。同时，整地机会破坏土壤中有益微生物的生存环境，减少它们的数量，影响土壤的生态功能和养分循环。
此外，灭茬整地机对土壤的水土流失控制也存在一定的弊端。灭茬整地机在作业过程中需要快速移动，机械的震动会导致土壤的颗粒翻滚和冲刷，增加了土壤的风蚀和水蚀风险。特别是在坡耕地、丘陵地等易发生水土流失的地区，整地机的使用会进一步加剧土壤侵蚀。