自走式喷雾农机的成本较高。由于其先进的技术和复杂的机械结构，自走式喷雾农机的价格往往比传统的手持式喷雾器要高得多。这使得农民在购买和维护这种设备时需要付出更多的经济成本。
自走式喷雾农机对操作人员的技术要求较高。由于该设备采用自动化控制系统，操作人员需要具备一定的机械操作和维护知识。对于一些缺乏相关技术培训和经验的农民来说，这可能增加了学习和使用的难度。
此外，自走式喷雾农机在操作过程中也存在一定的安全隐患。由于其工作原理和机械结构的特殊性，操作人员需要时刻保持警惕，防止发生意外事故。此外，由于操作人员需要长时间站立和操作设备，可能会导致身体疲劳和工作效率下降。
另外，自走式喷雾农机的适用范围较窄。由于该设备的体积较大，机动性较差，只能在相对平坦的田地上进行作业。对于地势较为复杂的山区和丘陵地带，自走式喷雾农机的作用受到限制，无法发挥其优势。
自走式喷雾农机的维护和修理较为复杂。由于其结构复杂，一旦出现故障需要进行维修，需要具备一定的机械维修知识和技能。此外，由于自走式喷雾农机的零部件较为特殊且价格昂贵，维修和更换成本较高，给农民带来一定的经济压力。