飞轮的主要故障之一是裂纹。由于柴油机在工作过程中会受到较大的压力和振动，长期下来会导致飞轮出现裂纹。这种问题通常是由于飞轮材料的疲劳寿命到达或柴油机运行中的过载引起的。裂纹的存在会导致飞轮的强度下降，甚至会发生断裂，严重影响柴油机的正常工作。
飞轮可能出现的故障是失衡。由于制造过程中的误差或长期使用中的磨损，飞轮可能会失去平衡，导致振动加剧。失衡的飞轮会对柴油机的传动系统产生不均匀的力，导致齿轮和轴承的磨损加剧，甚至可能导致传动系统的损坏。
此外，飞轮的齿轮也可能出现故障。由于长期的使用和不当的操作，飞轮齿轮可能会出现磨损、断齿等问题。这种故障会导致飞轮与其他传动部件的配合不良，影响传动效果，甚至可能导致传动系统的损坏。
飞轮的主轴也可能出现故障。飞轮主轴通常由钢材制成，由于长期的使用和振动，主轴可能会出现变形、断裂等问题。这种故障会导致飞轮与柴油机的主轴连接不牢固，影响传动效果，严重时可能会导致飞轮脱离。